Истоки ПМПК лежат в советской системе специального образования, которая была нацелена на выявление и дифференциацию детей с отклонениями в развитии. В советское время существовали медико-педагогические комиссии (МПК), которые занимались распределением детей по специализированным учебным заведениям.

В период перестройки и после распада СССР система образования претерпела значительные изменения. Появилось больше внимания к инклюзивному образованию и правам детей с ОВЗ.

Развитие ПМПК в Хабаровском крае, учитывало специфику региона, его географическое положение, демографические особенности и потребности местного населения. Со временем ПМПК стали выполнять не только диагностическую, но и консультативную, методическую и просветительскую функции. Происходило повышение квалификации специалистов ПМПК, внедрение новых диагностических методик и технологий.